1.租金
(1) 土地租金
投資人向加工出口區租用公有土地，需向管理處繳交土地租金。

(2) 公共設施建設費
區內公共設施係管理處貸款興建，需向區內事業就租用土地面積收取公共設施建設費，以資還本付息。

2.管理費
管理處或分處為維護加工出口區之環境衛生、安全及辦理公共設施維護，得向在區內營業之事業收取管理費。

3.保健費
未自行設置醫療單位之區內廠商得與本處衛生保健所簽訂醫療保健合約約定書，由該所負責辦理勞工衛生保健事宜。

4.危險性機械或設備檢查費
廠商如需設置鍋爐、壓力容器、升降機、起重機等，必需向管理處或代行檢查機構申請檢查，所須檢查費用依據行政院勞工委員會訂定之「危險性機械或設備各項檢查收費標準」辦理。

5.稅捐
區內事業產製之產品內銷時按出廠時形態扣除附加價值後課徵關稅，並依進口貨品之規定，課徵貨物稅及營業稅。

6.規費
工商證照費、勞基法所規定之各項費用，依各該相關法規規定辦理。

7.公用事業費
水電、電信設施，依所需使用之規格向自來水公司、台電公司及電信公司辦理，並依規定向該單位繳費。